封闭式冷却塔经常出现水垢、腐蚀化合物堆积、锈蚀、细菌和藻类等污染问题，清洁和保护工作就显得很重要。在日常应用中都暴露在空气中，空气中有许多悬浮固体，灰尘和沉积物会继续堆积在里面，因此设备中会堆积污垢。制冷系统中还会产生大量的微生物藻泥，造成堵塞。

       在冬季，封闭式冷却塔很少使用，因此会积累大量的水，水会对其内部结构造成相应的腐蚀，长期腐蚀化合物积累，导致部分腐蚀很严重。

       设备冷却循环水中含有碳酸盐、物质和细菌，有些季节水温可大于35℃以上，如果冷却循环水长期不更换或出水量不足，长期不清洗消毒或消毒不完全，会滋生大量细菌，有可能会致病。

       许多微生物大气气溶胶在冷却循环水中繁殖和建立，其中一些立即进入封闭式冷却塔周围的空气，影响附近800米以内。